L'histoire se déroule quelques années après la mort de Boo. SanGoku était sur la tour Karine où il entraînait son pupille Oob (réincarnation de Boo) afin de participer à un tournoi au royaume des morts. Le roi Pilaf, à la recherche des boules de cristal, va sans vraiment le vouloir demander au dragon Shéron de rajeunir SanGoku au point de reprendre sa taille de petit garçon. SanGoku, pris au piège, a un an pour retrouver son corps d'adulte et les 7 Dragon Balls, car la Terre pourrait exploser si ce délai était dépassé.
Il va partir à travers l'espace à la recherche des sept Dragon Balls qui lui permettront de retrouver sa taille. Il va être aidé dans sa quête par Trunks, devenu adulte, et Pan, sa petite-fille. Embarqués sur un immense vaisseau que leur a fabriqué Bulma, ils échouent sur une petite planète dominée par un prince du nom de Donkya. Ils vont faire la connaissance d'un petit robot qui a absorbé le radar et va contraindre nos amis à le laisser les suivre dans leur grand voyage: Giru. Ils vont sauver une princesse captive et se retrouver sur une planète qui est un immense jeu de l'oie. Nos quatre compères vont se retrouver dans l'épisode 13 face à un étrange professeur ressemblant beaucoup au docteur Géro : le docteur Mew. Ce dernier est un savant un peu fou qui fabrique des monstres et des créatures mutantes.
Nos amis vont découvrir que Giru, le petit robot qui les accompagne, est l'une des inventions du Docteur Mew. Il a été créé pour obtenir l'amitié de nos amis et les conduire jusqu'au docteur. Ce dernier, qui adore les mutations génétiques, n'arrive pas à comprendre le système de fonctionnement des Super Saïyens, ni pourquoi leur énergie est inépuisable. Il souhaite en fait les capturer tous pour posséder leur pouvoir et les analyser. Giru va conduire nos amis sur sa planète d'origine, un monde artificiel du nom de Mutant Mécanique M2, une création du Docteur Mew peuplée de robots comme Giru qui vont tenter de capturer nos amis au profit du docteur. Ce dernier va occuper une place hyper importante dans la série et apparaître à plusieurs reprises pour capturer les Super Guerriers.
Il va ensuite envoyer à leurs trousses des créatures artificielles de plus en plus puissantes. Nos amis vont se trouver tout d'abord face à Negi, Nas et Ribet, des mutants mécaniques produits sur la planète M2. Ils vont suivre SanGoku et ses amis et tenter de les éliminer grâce à leur méga canon Sigma, une terrible combinaison d'attaque à trois. Nos amis vont vraiment souffrir quand Ryld, l'une des plus terribles créations du Docteur Mew, va décider de passer de son propre chef à l'attaque. Il possède à lui seul la puissance du canon Sigma des trois mutants précédents.
SanGoku, Pan et Trunks devront associer leurs pouvoirs de Super Saïyens de façon à faire un méga Kaméhaméha ensemble. Durant ce terrible combat, Baby, une sorte de créature qui peut prendre une forme liquide, va pénétrer dans leur vaisseau afin de les suivre. Ce nouveau monstre de Mew est très particulier car il a une conscience propre, à la différence des autres mutants du docteur qui, eux, ont une conscience collective et peuvent se transmettre des messages: Giru, le robot radar qui est à présent leur ami, va les conduire en direction de la septième boule. Elle se trouve sur une planète glacée dont la température permanente est de moins 272 degrés Fahrenheits. Après l'avoir récupérée, ils peuvent enfin revenir sur Terre.
Mais ils ont un passager clandestin. Baby, le dernier descendant des Tsufurs, qui est arrivé sur terre, le repaire des derniers Super Saïyens. Il va tout mettre en ½uvre pour se venger d'eux, car ils avaient décimé sa planète, dans le passé. Il ne peut attaquer SanGoku en premier car celui-ci est beaucoup trop puissant et possède maintenant les sept Dragon Balls... Ce qui est sur, c'est qu'il a à présent la possibilité de combattre les Super Saïyens. Il va tout d'abord s'emparer du corps d'un jeune homme grâce au-quel il arrivera jusqu'au Super Saïyen le moins fort, c'est-à-dire SanGoten. Comme ce dernier ne s'entraîne plus, il a perdu toute combativité. Baby va le posséder et utiliser son corps pour atteindre son grand frère SanGohan. Après un rapide combat contre Piccolo, Baby-SanGohan réussira à atteindre Végéta et à le posséder à son tour. Baby gardera son apparence, qu'il trouve idéale. SanGoku va remettre les Dragon Balls à Dendé mais celui-ci aura été contrôlé par Baby et les lui remettra : Son v½u : que sa planète natale, la planète Tsuful, soit recréée et il y émigrera avec les terriens. Grâce à cela, il volera aussi la puissance de Trunks et sa s½ur Bra, tout en gardant le physique de Végéta qui ne va pas cesser d'évoluer. SanGoku ne pourra rien contre lui, même au niveau 3, du fait de sa petite taille. Il va être obligé de développer son pouvoir pour atteindre un niveau supérieur. Il se produira une quatrième transformation qui lui permettra de développer son corps pour devenir adulte et puissant. Un combat de titans va alors s'engager entre deux guerriers dont la puissance est équivalente. SanGoku finira par l'emporter et détruira Baby qui tentait de s'enfuir à bord de son vaisseau. La paix revenue, nos amis n'ont plus que 15 jours pour retrouver les Dragon Balls, éparpillés de nouveau après le voeu de Baby. Malheureusement ils n'y arrivent pas, et SanGoku décide d'émigrer sur Tsuful puis d'invoquer le Shenron de Namek pour qu'il transforme Tsuful en une seconde planète Terre.
Piccolo restera seul sur Terre, pour disparaître avec les Dragon Balls, et éviter que le problème ne se pose une seconde fois.
Malheureusement, la paix ne durera pas longtemps, car le professeur Mew a rencontré le docteur Géro en Enfer, et ils ont fabriquer un C-17 identique à celui se trouvant sur Terre. Deux personnes ne pouvant pas se trouver au même endroit, un pont s'ouvrit entre la Terre et l'enfer et les deux C-17 se rejoignirent, tandis que Géro et Mew, accompagnés des anciens ennemis de SanGoku, débarquent sur Terre et y sèment la pagaille. SanGoku quant à lui se fera piéger en enfer, en compagnie de Cell et Freezer. Sur Terre, les deux C-17 fusionnent pour devenir Super C-17. Son pouvoir est quasi-illimité et aucun guerrier, pas même Végéta ou Oob, ne parvient à le battre. Piccolo prend alors une décision : il se rend en enfer aux côté de SanGoku pour l'aider à sortir. Il demande à Dendé de grandir son aura depuis le palais céleste et lui ferait de même depuis l'enfer. Les auras des nameks étant très ressemblantes, une porte s'ouvre et SanGoku parvient à s'échapper. Il débarque sur le champ de battaille et combat Super C-17. Malheureusement, même en Super Saïyen 4, il lui est très difficile de lui tenir tête. Il finira par gagner grâce à l'aide de C-18 qui occupera son frère pendant que SanGoku lui lancera son Dragon Punch. Super C-17 éliminé, nos amis repartent à la recherche des nouveaux Dragon Balls, mais ils s'aperçoivent qu'elles sont fissurées.
En essayant d'appeler Shenron, ils se retrouvent face à un Dragon noir qui n'a rien à voir avec Shenron. Il leur explique alors qu'à force de faire des voeux avec les Dragon Balls, une sorte d'énergie négative s'y est accumulée, et a donné naissance à ce Dragon. Il va alors avaler les sept Dragon balls et créer sept autres Dragons, chacun possédant une boule. SanGoku devra donc les affronter les uns après les autres, mais arrivé au dernier dragon, celui possédant le Dragon Ball à une étoile, il se retrouvera en mauvaise posture, d'autant que ce dragon absorbera les 6 autres boules pour devenir hyper puissant. Heureusement pour SanGoku, Végéta qui a lui aussi atteint le niveau 4, viendra lui prêter main forte, et ils fusionneront pour devenir Gogéta 2. Ce dernier humiliera le Dragon noir, mais la fusion s'achèvera avant qu'il ne puisse le détruire. SanGoku aura alors une fois de plus recours au Genkidama pour pouvoir le tuer. Shenron reviendra, et annonce qu'il ne peut plus réaliser de voeu, sauf un ultime pour réparer tous les dégâts. SanGoku absorbera alors les 7 Dragon Balls et disparaîtra au loin avec Shenron...
